Zagrożenia dzieli się na trzy grupy:
•    biotyczne (np. szkodliwe owady, grzyby patogeniczne, ssaki roślinożerne);
•    abiotyczne – ekstremalne zjawiska atmosferyczne (np. silne wiatry, śnieg, ulewne deszcze, wysokie i niskie temperatury);
•    antropogeniczne – wywołane przez człowieka (np. pożary, zanieczyszczenia przemysłowe, zaśmiecanie lasu).

Z pośród wszystkich zagrożeń biotycznych największą bolączką pniewskich leśników są szkody powodowane przez duże ssaki roślinożerne (jelenia, sarny). Ich duża liczebność w lasach nadleśnictwa stwarza zagrożenie dla nowo założonych upraw oraz młodników. Najpopularniejszym sposobem ograniczenia efektów zgryzania pędów oraz ogryzania kory młodych drzewek jest grodzenie upraw. Oprócz tego pojedyncze drzewka  zabezpiecza się poprzez nałożenie na pęd wiodący kępki wełny owczej , której zapach i smak skutecznie zniechęca jeleniowate .  W okresie wczesnowiosennym , kiedy występuje największe zapotrzebowanie na pokarm, szczególnie zagrożone są młodniki sosnowe. W celu uniknięcia spałowania drzewek stojących wykłada się tzw. drzewa ogryzowe. Są to specjalne świeżo ścięte drzewa, które jelenie mogą ogryzać, zwłaszcza w górnych partiach, gdzie kora nie jest jeszcze taka gruba.

Kolejnymi zagrożeniami biotycznymi są szkody powodowane przez szkodniki owadzie. Możemy je podzielić na szkodniki pierwotne, uszkadzające korony. Mogą one zniszczyć całe drzewo lub znacznie je osłabić co umożliwia wnikanie tzw. szkodników wtórnych, żerujących głównie w drewnie. Obecnie w Nadleśnictwie Pniewy nie notuje się większych obszarów zagrożonych masowym występowaniem szkodników pierwotnych i wtórnych, jednak regularnie prowadzi się działania zmierzające do poprawienia biologicznej odporności drzewostanów. Coraz większe szkody w uprawach leśnych odnotowuje się na skutek żerów pędraków (larwy chrabąszcza). Na terenie Nadleśnictwa Pniewy zlokalizowane są stałe pędraczyska, poddawane okresowej kontroli. 

Z czynników abiotycznych najniebezpieczniejsze są wiatry, oraz przymrozki późne występujące wiosną, które zagrażają głównie młodym drzewkom.