Sieć Natura 2000 tworzą dwa typy obszarów:
•    obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO), wyznaczone do ochrony populacji dziko występujących ptaków,
•    specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO), chroniące siedliska przyrodnicze i gatunki roślin i zwierząt.
Podstawą wyznaczania obszarów Natury 2000 są kryteria naukowe.
Obszary Natura 2000 stanowią 40 proc. gruntów w zarządzie Lasów Państwowych, zajmują ponad 2,8 mln ha
Na terenie kraju obecnie są wyznaczone 144 obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO) i 823 obszary ochrony siedlisk (SOO), w tym 364 obszary mające znaczenie dla Wspólnoty. Pokrywają one prawie 20 proc. powierzchni kraju.
Większość obszarów naturowych powstała na terenach leśnych. Stanowią one 40 proc. gruntów w zarządzie PGL LP, zajmują ponad 2,8 mln ha.
Przeczytaj więcej o sieci Natura 2000.

Lasy Państwowe zarządzając lasami w imieniu państwa są bezpośrednio zobowiązane do realizowania obowiązków nałożonych przez obie Dyrektywy. Do obowiązków tych należy między innymi ocena każdego planu, także planu urządzenia lasu pod kątem jego oddziaływania na obszary NATURA 2000. Oznacza to, że wszelkie działania z zakresu gospodarki leśnej prowadzone na obszarach wchodzących w skład sieci, podporządkowane są zaleceniom zgodnym z obowiązującymi Dyrektywami.
Na terenie Nadleśnictwa Pniewy znajduje się sześć obszarów ochrony NATURA 2000, których krótką charakterystykę przedstawia poniższa tabela.

Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków "Puszcza Notecka" (kod obszaru PLB300015) . Zajmuje on obszar o powierzchni 178 255,8 ha. Z czego w Nadleśnictwie Pniewy położone jest 1228 ha. Obszar stanowi zwarty, jednolity kompleks leśny w międzyrzeczu Noteci i Warty, części pradoliny Eberswaldsko-Toruńskiej. Jest to równina akumulacyjna w znacznym stopniu przekształcona przez wiatry, które usypały tu, największy w Polsce, zespół wydm śródlądowych, o wysokości 20-30 m, a maksymalnie dochodzacy do 98m npm. Wydmy porasta drzewostan głównie sosnowy (92%), posadzony tu po wielkiej klęsce w okresie międzywojennym, spowodowanej masowym pojawieniem się szkodników owadzich. 

Występuje tu co najmniej 30 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 7 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi. W okresie lęgowym obszar zasiedla powyzej 2% populacji krajowej bielika, kani czarnej i kani rudej oraz co najmniej 1% populacji krajowej następujacych gatunków ptaków: bąk,, podgorzałka, puchacz, rybołów, trzmielojad, gągoł, nurogęś. Jest to jedyna  w ostatnich latach, stała ostoja wilka w zachodniej Polsce. Wystepuje tu 9 gatunków storczyków.

Ważniejsze gatunki zwierząt występujace na terenie obszaru "Puszcza Notecka":

bąk, bączek, bocian czarny, bocian biały, podgorzałka, trzmielojad, kania ruda, kania czarna, bielik, błotniak stawowy, błotniak zbożowy, orlik krzykliwy, rybołów, kropiatka, derkacz, zuraw, rybitwa czarna, puchacz, włochatka, lelek, zimorodek, dzięcioł czarny, dzięcioł średni, lerka, świergotek polny, jarzębatka, muchołówka białoszyja, muchołówka mała, gąsiorek, ortolan, bóbr europejski, wydra, wilk.

Obszar Specjalnej Ochrony Ptaków "Jezioro Zgierzynieckie" (kod obszaru PLB300009). Powierzchnia obszaru to 552,80 ha. Z tej powierzchni 78,50 ha położone jest w Nadleśnictwie Pniewy.

     Ostoja obejmuje bagienny obszar, który powstał w wyniku osuszenia rozległego niegdyś jeziora, obecnie znajdującego się w fazie intensywnego zarastania, m.in.płatami Cladietum marisci. Obszar stanowi rozległy kompleks zbiorowisk szuwarowych z mniejszymi lub większymi oczkami wodnymi, rowami otoczonymi łąkami i pastwiskami oraz niewielkim fragmentem łęgu jesionowo-wiązowego. Poziom wody oraz powierzchnia jej otwartego lustra zależne są od wysokości jej piętrzenia jazem na rzece Mogilnicy. Bagienną część ostoi zajmują szuwary, przede wszystkim trzcinowe i pałkowe. Występują tu także połacie szuwaru kłoci wiechowatej. Występuje tu co najmniej 7 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej. W okresie lęgowym obszar zasiedla co najmniej 1% populacji krajowej gęgawy. Na jesiennych zlotowiskach żurawie występują w ilości do 1000 osobników.

W skład obszaru wchodzą dwa rezerwaty przyrody: Rezerwat na Jeziorze Zgierzynieckim im. Bolesława Papi ( 71,43 ha) oraz rezerwat Wielki Las o powierzchni 78,96 ha.

Ważniejsze gatunki zwierząt występujace na terenie obszaru Jezioro Zgierzynieckie:

orlik krzykliwy, podgorzałka, bąk, rybitwa czarna, bocian biały, bocian czarny, błotniak stawowy, błotniak zbożowy, łabędź krzykliwy, dzięcioł średni, dzięcioł czarny, czapla biała, ortalon, dubelt, żuraw, bielik, bączek, gąsiorek, podróżniczek, kania czarna, kania ruda, rybołów , trzmielojad, batalion, siewka złota, zielonka, kropiatka, bóbr europejski, wydra, nocek duży, traszka grzebieniasta, kumak nizinny.

Z ważnych dla Europy gatunków roślin występuje : aldrowanda pęcherzykowata.

 Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk "Ostoja Międzychodzko-Sierakowska". Kod obszaru PLH300032. Powierzchnia 7 591,1 ha. Z tego w Nadleśnictwie Pniewy położone jest 696,81 ha.

Ostoja Międzychodzko-Sierakowska znajduje się na północnych obrzeżach Wielkopolski, na pograniczu Kotliny Gorzowskiej i Pojezierza Poznańskiego. Przebiega tędy peryglacjalny odcinek rzeki Wartyw otoczeniu kilkudziesięciu, różnej wielkości jeziori źródeł. Dominującą powierzchnię obszaru pokrywają utwory polodowcowe - piaski i gliny zwałowych moren dennych, sandry i piaski przemodelowane eolicznie oraz współczesne utwory akumulacji rzecznej w dolinie Warty. W wielu miejscach dochodzi doakumulacji torfów niskich i przejściowych. Ostoja ta posiada fragmenty terenu o "górskim" krajobrazie. W dolinach rzek ina brzegach jezior występują higrofilne zbiorowiska zaroślowe i ziołoroślowe w kompleksie z ekstensywnie użytkowanymi zbiorowiskami łąkowymi i łęgami olszowymi. Dominującą grupę zespołów lasów liściastych stanowią grądy i buczyny. Obszar charakteryzuje się dużą różnorodnością siedliskową, bogactwem gatunkowym roślin naczyniowych, występowaniem roślin kalcyfilnych.

Ważne dla Europy typy siedlisk przyrodniczych:

- starorzecza i naturalne eutroficzne zbiorniki wodne ze zbiorowiskami z Nympheion, Potamion

- niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekstensywnie

- torfowiska przejściowe i trzęsawiska

- kwaśne buczyny

- żyzne buczyny

- pomorski kwaśny las brzozowo-dębowy

- łęgowe lasy dębowo-wiązowe-jesionowe

Ważne dla Europy gatunki zwierząt:

bóbr europejski, wydra, kumak nizinny, traszka grzebieniasta.

    Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk "Grądy Bytyńskie". Kod obszaru PLH300051. Powierzchnia 1294,43 ha. Obszar w całości obejmuje teren Nadleśnictwa Pniewy.

W skład obszaru wchodzą dwa kompleksy drzewostanów liściastych położone niedaleko siebie. Należą one do najlepiej zachowanych w Wielkopolsce grądów o dużym bogactwie gatunkowym. Bardzo istotnym, występującym gatunkiem jest obuwik pospolity (Cypripedium calceolus) - gatunek rzadkiej rośliny z rodziny storczykowatych. występują tu inne rzadkie gatunki chronione: lilia złotogłów, listeria jajowata, kruszczyk szerokolistny. Licznie występuje na naturalnych stanowiskach jarząb brekinia. Na całym obszarze występują niewielkie zabagnienia będące ostoją dla wielu gatunków płazów.

Na terenie obszaru znajdują się cztery rezerwaty przyrody będące w zarządzie Nadleśnictwa Pniewy:

- rezerwat "Duszniczki" - powierzchnia 0,77 ha.

- rezerwat "Bytyńskie Brzęki"- powierzchnia 15,15 ha,

- rezerwat "Brzęki przy Starej Gajówce" - powierzchnia  6,71 ha,

- rezerwat "Huby Grzebieniskie" - powierzchnia 14,73 ha.

     Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk "Ostoja Zgierzyniecka". Kod obszaru PLH300007. Powierzchnia obszaru wynosi 574,9 ha. Na terenie Nadleśnictwa Pniewy 78,50 ha.

Ostoja obejmuje bagienny obszar, który powstał w wyniku osuszenia rozległego niegdyś jeziora, obecnie znajdującego się w fazie intensywnego zarastania m.in. płatami Cladietum marisci. Melioracje dorzecza rzeki Obry prowadzone były od końca XVII w. a na terenie obszaru jeszcze w latach 90. ubiegłego stulecia. Obszar stanowi rozległy kompleks zbiorowisk szuwarowych z mniejszymi lub większymi oczkami wodnymi, rowami otoczonymi łąkami i pastwiskami oraz niewielkim fragmentem łęgu jesionowo-wiązowego. Poziom wody oraz powierzchnia jej otwartego lustra zależne są od wysokości jej piętrzenia jazem na rzece Mogilnicy. Bagienną część ostoi zajmują szuwary, przede wszystkim trzcinowe i pałkowe. Występuje tu także rozległe połacie szuwaru kłoci wiechowatej. Wśród użytków zielonych dominują łąki mezofilne oraz trzęślicowe. Do częstych zbiorowisk, zwłaszcza wzdłuż rowów melioracyjnych oraz w pobliżu szuwarów, należą zarośla łozowe Salicetum pentandro-cinereae. Obszar ważny dla zachowania 8 rodzajów siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Rady 92/43/EWG, w tym priorytetowych torfowisk nakredowych z kłocią wiechowatą Cladium mariscus oraz lasów łęgowych. W ostoi występują populacje 2 gatunków zwierząt wymienionych w Załączniku II Dyrektywy Rady 92/43/EWG, m.in. silna populacja bobra europejskiego. Obszar ma również duże znaczenie dla ochrony ptaków.
Rezerwaty przyrody: Rezerwat na Jeziorze Zgierzynieckim im. Bolesława Papi (71,43 ha; 1974) i Wielki Las (78,96 ha; 1959 i 2003).

Ważne dla Europy typy siedlisk przyrodniczych:

- starorzecza i naturalne eutroficzne zbiorniki wodne ze zbiorowiskami z Nympheion, Potamion
- zmiennowilgotne łąki trzęślicowe (Molinion)
- niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekstensywnie (Arrhenatherion elatioris)
- torfowiska nakredowe (Cladietum marisci, Caricetum buxbaumii, Schoenetum nigricantis) *
- górskie i nizinne torfowiska zasadowe o charakterze młak, turzycowisk i mechowisk
- grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny (Galio-Carpinetum, Tilio-Carpinetum)
- łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe (Salicetum albo-fragilis, Populetum albae, Alnenion glutinoso-incanae, olsy żródliskowe) *
- łęgowe lasy dębowo-wiązowo-jesionowe (Ficario-Ulmetum).

Ważne dla Europy gatunki zwierząt:
wydra, bóbr europejski, kropiatka, żuraw, błotniak stawowy, bielik, bocian biały, bąk, czapla biała.
Ważne dla Europy gatunki roślin:

aldrowanda pęcherzykowata.

    Specjalny Obszar Ochrony Siedlisk "Zamorze Pniewskie". Kod obszaru PLH300036. Powierzchnia obszaru 305,3 ha. Na terenie Nadleśnictwa Pniewy 198,69 ha
Obszar obejmuje jedno z większych w Wielkopolsce, dobrze zachowanych, pojeziornych torfowisk mszarnych. Położone jest ono pomiędzy dwoma jeziorami, przy czym Jezioro Lubosz Wlk. należy do obszaru, zaś Jezioro Pniewy sąsiaduje z nim. Na terenie Zamorza Pniewskiego, w jego południowej części, znajduje się jeszcze jedno, dużo mniejsze, pokryte nymfeidami jeziorko- Jezioro Zamorze. Teren torfowiska zarasta silnie krzewami wierzby. Otaczają go przede wszystkim lasy liściaste o charakterze olsów. Występuje tu wiele gatunków chronionych mszaków i roślin naczyniowych, w tym dość liczne stanowisko lipiennika Loesela.

 Ważne dla Europy typy siedlisk przyrodniczych:
• starorzecza i naturalne eutroficzne zbiorniki wodne ze zbiorowiskami z Nympheion, Potamion
• niżowe i górskie świeże łąki użytkowane ekstensywnie (Arrhenatherion elatioris)
• torfowiska przejściowe i trzęsawiska (przeważnie z roślinnością z Scheuchzerio-Caricetea)
• grąd środkowoeuropejski i subkontynentalny (Galio-Carpinetum, Tilio-Carpinetum)
• łęgowe lasy dębowo-wiązowo-jesionowe (Ficario-Ulmetum)
• twardowodne oligo- i mezotroficzne zbiorniki wodne z podwodnymi łąkami ramienic Charetea
• łęgi wierzbowe, topolowe, olszowe i jesionowe (Salicetum albo-fragilis, Populetum albae, Alnenion glutinoso-incanae, olsy żródliskowe)

Ważne dla Europy gatunki zwierząt:
• bóbr europejski - ssak
• kumak nizinny - płaz

Ważne dla Europy gatunki roślin:
• lipiennik Loesela